Misato et son groupe anti-NERV, Wille, arrivent à Paris rougie par la core-ization. L’équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement. Ils ont 720 secondes pour remettre la ville sur pied. Une horde de NERV Evas apparaît et l’Unité Eva 8 améliorée de Mari doit l’intercepter. Entretemps, Shinji, Asuka et Rei flânent au Japon.