Plusieurs milliers d'années après un mystérieux phénomène qui a transformé toute l'humanité en pierre, Senku, un lycéen féru de science, parvient à sortir de son cocon minéral. Dans ce monde où désormais toute civilisation a disparu, il décide d'utiliser la science pour tout rebâtir. Avec l'aide de son ami d'enfance, l'infatigable Taiju Ôki qui a lui aussi recouvré sa liberté, ils vont devoir repartir de zéro. Ainsi commence leur aventure pour se réapproprier des milliers d'années d'histoire de la science, de l'Âge de pierre à leurs jours.
