Naruto et ses amis réussissent à déchiffrer le code que Jiraiya a laissé derrière lui, mais ce n'est pas suffisant pour résoudre le mystère de Pain. Pour Naruto, le décès de Jiraiya est plus que suffisant pour l'inciter à suivre Fukasaku au Mont Myoboku, où il commence son entraînement au Sage Jutsu. Mais le nerveux Naruto sera-t-il jamais capable de rester assis assez longtemps pour atteindre le mode Sage ? De retour au Village de la Feuille, le désastre frappe lorsque les Six Chemins de la Douleur attaquent le village, et ceux qui sont les plus chers à Naruto sont jetés dans le chaos de la bataille !
