Aprés que des extraterrestres ont attaqué la Terre, laissant les forces aériennes d’autodéfense japonaises impuissantes. Cependant, un être légendaire à l’apparence humaine est apparu, révélant l’existence d’une forme de vie inconnue jusque-là. Quelques années plus tard, le monde est à nouveau confronté à des troubles à travers une série d’attaques inexplicables. Une nouvelle organisation appelée Marginal Service a été créée pour lutter contre les crimes impliquant ces êtres appelés les Marginaux et cacher leur existence parmi les humains.
